يُقصد بإدارة مستجمعات المياه العملية التي تقضي إلى وضع وتنفيذ الخطط والبرامج والمشاريع الرامية إلى حفظ وتعزيز وظائف مستجمعات المياه التي تؤثر على حياة النباتات والحيوانات والمجتمعات البشرية التي تعيش ضمن حدودها؛ الاستخدام المخطط لمستجمعات المياه استناداً إلى أهداف محددة مسبقاً، بسُبُل منها التحكم في جودة المياه وكميتها، والاستخدام البشري الفعال لموارد المياه في مستجمعات المياه.